Участок «Оглахты»
Специфика природных условий участков заповедника, определяющая богатый набор биологического и ландшафтного разнообразия, позволяет объединить все участки в две природные группы — степную и горно-таежную.
I. СТЕПНАЯ ГРУППА включает в себя 7 участков:
- Участок «Озеро Шира» (площадь 1 397 га)
- Участок «Озеро Иткуль» (площадь 5 547 га)
- Участок «Озеро Белё» (площадь 5 301 га)
- Участок «Оглахты» (площадь 2 913 га)
- Участок «Камызякская степь с озером Улуг-Коль»(площадь 4789 га)
- Участок «Хол-Богаз» (площадь 2 499 га)
- Участок «Подзаплоты» (площадь 5 262 га)
Вверх по р. Абакан
II. ГОРНО-ТАЁЖНАЯ ГРУППА включает в себя 2 участка, расположенных в среднегорной и высокогорной части северного макросклона Западного Саяна:
- Участок «Малый Абакан» (площадь 97 829 га)
- Участок «Заимка Лыковых» (площадь 142 441 га)